Todo estaba preparado, con el paso más cercano del cometa Hale-Bopp a la tierra, Applewhite convenció a 39 integrantes diciendo que si se suicidaban, sus almas embarcarían en una nave espacial que el cometa escondía tras su estela. Así fue como 39 personas, ciegas de fe, cometieron el mayor suicidio colectivo que se conoce hasta la fecha.
Los integrantes daban por hecho que eran extraterrestres. Los hombres se dejaron castrar durante el culto; Antes de la hora establecida, entregaron sus pertenencias y bebieron jugo de limón para purificar sus cuerpos y estar preparados para embarcar en la nave a la que pertenecían.
Los cadáveres fueron encontrados el 26 de marzo de 1997 en el municipio de Rancho de Santa Fe (San Diego). La causa de la muerte fue una sobredosis del barbitúrico llamado fenobarbital mezclado con jugos de manzana y vodka, además, todos los cuerpos fueron encontrados con bolsas en la cabeza (asfixia). Todos ellos, llevaban calzado deportivo Nike y vestían uniformes negros con parches en los que se podía leer "Heaven´s Gate Away Team".
Las muertes tuvieron lugar durante tres días consecutivos y su fundador Applewhite, fue uno de los últimos cuatro en fallecer, tres halagados asistentes le ayudaron a hacerlo, una vez muerto, ellos procedieron a su propio suicidio con plena satisfacción.
El departamento de policia recibió una llamada anónima advirtiendo del registro inminente de la mansión, encontrando tal escalofriante escena mostrada en las fotografías.
